ขณะทรงพระเยาว์

อ็อทโท ฟ็อน ฮาพส์บวร์คเป็นพระโอรสองค์โตในจักรพรรดิคาร์ลที่ 1 และจักรพรรดินีซิตาแห่งออสเตรีย (พระนามเดิม: เจ้าหญิงซิต้าแห่งบูร์บง-ปาร์มา) เสด็จพระราชสมภพเมื่อวันที่ 20 พฤศจิกายน พ.ศ. 2455 ณ วิลล่า วอร์ทอลล์ซ ใน ไรเชเนาว์ แอนด์ เดอ แรกซ์ ประเทศออสเตรีย พระองค์ทรงเข้าพิธีจุ่มศีล มื่อวันที่ 25 พฤศจิกายน พ.ศ. 2455 โดยพระคาร์ดินัลฟรันทซ์ เซเวอร์ นากัล อาร์ชบิชอปแห่งเวียนนา บิดาทูนหัวคือ พระอัยกาของพระองค์ จักรพรรดิฟรันทซ์ โยเซ็ฟที่ 1 แห่งออสเตรีย (แทนพระองค์ อาร์ชดยุกฟรันทซ์ แฟร์ดีนันด์แห่งออสเตรีย-เอสต์) ส่วนมารดาทูนหัวคือ พระอัยกีของพระองค์ เจ้าหญิงมาเรีย แอนโตเนียแห่งโปรตุเกส

เมื่อวันที่ 21 พฤศจิกายน พ.ศ. 2459 สมเด็จพระอัยกาของพระองค์สวรรคต ทำให้พระราชบิดาของพระองค์ทรงเถลิงวัลย์ราชสมบัติ เป็นจักรพรรดิคาร์ลที่ 1 ทำให้พระองค์ทรงเป็นมกุฎราชกุมารแห่งออสเตรีย-ฮังการี แต่เมื่อปี พ.ศ. 2461 ซึ่งเป็นจุดจบของสงครามโลกครั้งที่ 1 ราชวงศ์ถูกล้มล้าง ทำให้เกิดสาธารณรัฐออสเตรีย และสาธารณรัฐฮังการีขึ้น ทำให้ราชวงศ์จำต้องลี้ภัยไปอยู่ต่างแดน แต่เมื่อประเทศฮังการีได้สถาปนาเป็นราชอาณาจักรอีกครั้งหนึ่ง แต่ไม่มีราชวงศ์มาเป็นองค์พระประมุข ทำให้มิกโลช โฮร์ตี เป็นผู้สำเร็จราชการแทนจนถึงปี พ.ศ. 2487 ทำให้ฮังการีเป็นราชอาณาจักรโดยปราศจากพระมหากษัตริย์